Her tıbbi operasyon gibi saç ekiminin de bazı riskleri vardır. Deneyimli ellerde ve uzman hekimlerin gözetiminde yapılan ekim işlemlerinde komplikasyonlar çok nadir görülür. Saç ekimi kelliğin derecesine göre 1-2 yıl içinde bir veya bir kaç tekrar gerektirebilir. Kendini şiddetli ısı artışı ve ağrı şeklinde belli eden istenmeyen enfeksiyonlar, deri seviyesinde veya deriden kabarık keloid de denen yara izleri çok nadir de olsa oluşabilmektedir. Saç alınan ve ekilen bölgelerde 3 aya kadar sürebilen uyuşukluk ve his kaybı görülebilir.